馆舍由主馆、重庆白鹤梁水下博物馆、重庆宋庆龄纪念馆、涂山窑遗址、重庆三峡文物科技保护基地五个场馆组成，占地面积5万平方米，建筑面积7.17万平方米，展厅面积2.7万平方米，年均服务观众超300万人次。主馆于2005年6月18日正式对外开放，位于重庆市渝中区人民路236号，与相邻的重庆市人民广场、人民大礼堂共同形成“三位一体”的城市标志性建筑群。

全馆现有馆藏文物11.5万余件套（单件超28万件），珍贵古籍善本1.8万余册，涵盖23个文物门类，形成了以“古人类标本、三峡文物、巴渝青铜器、汉代文物、西南民族文物、大后方抗战文物、瓷器、书画、古琴”等特色藏品系列。常设《壮丽三峡》《远古巴渝》《重庆·城市之路》《抗战岁月》《宋庆龄与保卫中国同盟文物资料陈列》《白鹤梁水下博物馆基本陈列》等展览13个，年均推出临时展览20-30个，加以《重庆大轰炸》半景画演示、《大三峡》环幕电影、三峡大坝数字沙盘、互动展示魔墙四大展示亮点。