第一部分「一直是这座城」依托小马站-流水井遗址的遗迹遗物和城墙遗存，展示广州城自汉至唐的稳定格局以及两千年城脉基石的形成。

第二部分「城墙开始改变」以小马站-流水井遗址五代南汉高等级建筑、水系遗存与城墙的位置关系为线索，揭示南汉大规模城市开发建设对于广州城发生改变的开拓性意义，并且通过周边以往宋代城墙的考古发现，展现宋代广州由「王城」向「商城」转变的历史趋势。

第三部分「城墙北拓与退场」通过小马站-流水井遗址东西连续分布的明清文化层以及房屋、道路、书院和各类出土器物，生动再现城墙北拓后的市井生活图景。